醫藥型冷凍干燥機自動控制系統采用PC為上位機，PLC（可編程序控制器）為下位機的自動控制方式。該系統可儲存上百條凍干曲線，并可自動記錄、保存長達十年期間的運行曲線，報警記錄。醫藥型冷凍干燥機系統內置有《凍干操作規程》、《維護保養規程》、《凍干機驗證文件》等重要資料。
1. 該PC機選用WINDOWS中文操作系統（正版軟件）、為凍干機控制系統特別開發的“世紀星"組態軟件（國內）；
2. 編制程序時采用人機對話、菜單提示的方式，可直接鍵入指令；
3. 自動運行時，顯示器上顯示彩色的動態工況模擬圖；
4. 凍干機中的所有閥門和機泵均能在屏幕上具有開關顯示，狀態顯示明確；
5. 實時顯示凍干工藝曲線，同時將設定的凍干曲線作為背景圖案一起顯示在屏幕上；
6. 可隨時對進行中的凍干工藝曲線進行手動干預；
7. 具備連鎖、自動應急及停電來電后的自動恢復運行等保護功能；
8. 該系統能儲存上萬條凍干工藝曲線；
9. 具有產品情況、運行狀態數據庫，可進行生產的輔助管理；
10. 可記錄并保存十年內所有的凍干運行參數及凍干工藝曲線；
11. 打印所有的凍干運行參數及曲線，包括日期、時間、制品數量及投料號、操作者等；
12. 在凍干程序連續運行過程中可時實查詢和顯示重要工藝參數；
13. 可在發生故障時顯示故障點（具有故障自動檢測系統，有故障自診斷功能），并具有故障報警記錄功能；
14. 在自動操作時，控制系統一旦發生故障，可立即切換為手動控制操作模式，用戶仍可繼續進行并完成凍干程序，并且是兩套獨立的控制系統；
15. 在操作系統中，系統內部具有多種邏輯連鎖功能，可防止誤操作發生；
16.系統具有雙重保密指令（密碼），完全避免因人為因素造成的內部損壞、丟失和誤動作；
17. 系統可自動判斷凍干終點（有凍干終點判斷功能）；
18. 可實現自動壓塞操作（液壓系統中帶有電子防滑落裝置，能防止板層非正常下滑）；
19.具有對壓縮空氣、冷卻水壓力等傳感器參數的檢測、監測及報警功能；
20. 加熱方式為固態繼電器輸出，PID調節方式，自動配合所需制品的升華能力；
21. 具有CIP、臭氧滅菌功能的全自動控制程序；
